Kennedy chào đời vào 3 giờ chiều thứ ba ngày 29 tháng 5 năm 1917 tại đường 83 Beals, Brookline, Massachusetts.[4] Ông là người con trai thứ hai của Joseph P. Kennedy, Sr. và Rose Fitzgerald. Kennedy đến học tại trường Choate, một trường tư dành cho giới thượng lưu, tại Connecticus. Từ năm 1929 đến 1931, John gia nhập Phong trào Hướng đạo tại Bronxville để trở thành hướng đạo sinh đầu tiên đảm nhận chức vụ Tổng thống Hoa Kỳ[5]. Trước khi vào đại học, John dành một năm tại Học viện Kinh tế Chính trị Luân Đôn (LSE) chuyên ngành kinh tế chính trị. Mùa thu năm 1935, cậu theo học tại Đại học Princeton, nhưng buộc phải nghỉ học suốt mùa Giáng sinh vì mắc bệnh hoàng đản. Mùa thu năm sau, John nhập học tại Đại học Harvard. Trong thời gian theo học tại Harvard, John sang Âu châu hai lần, đến thăm Anh, nơi cha của cậu đang phục vụ trong cương vị đại sứ Hoa Kỳ tại vương quốc đó. Do sai lầm trong điều trị, năm 1937 Kennedy được cho dùng steroid để chữa bệnh viêm thành ruột kết (colitis), nhưng loại dược phẩm này đã làm phát triển căn bệnh loãng xương tại cột sống vùng thắt lưng của Kennedy.

Tại Harvard, học lực của Kennedy được xếp vào hạng khá, hầu hết là loại B và C, môn sử năm thứ hai chỉ được điểm D, và chưa hề có điểm A. Kennedy tốt nghiệp với văn bằng chuyên ngành quan hệ quốc tế tháng 6 năm 1940. Luận văn của Kennedy, Why England Slept (Tại sao nước Anh ngủ mê), được xuất bản năm 1940 với sự hỗ trợ từ người cha giàu có và quyền thế, trở thành một trong các sách bán chạy nhất lúc đó[6] (với 30.000 ấn bản được mua và chất đống trên gác xếp tại gia trang của gia đình Kennedy ở Hyannisport).[7]